დღევანდელი გაგრის მუნიციპალიტეტის ტერიტორია უძველეს დროს I საუკუნემდე ეგრისში შედიოდა. II-III საუკუნეებიდან ეს მხარე თანდათანობით აბაზგებმა დაიკავეს. VI საუკუნეში იგი აბაზგიის (აფხაზთა) სამთავროს ეკუთვნოდა და ეგრისის (ლაზიკის) სამეფოს შემადგენლობაში შედიოდა. VIII საუკუნის დასასრულიდან „აფხაზთა სამეფოში“, ხოლო X საუკუნის დასასრულიდან ერთიანი საქართველოს სამეფოში იყო. საქართველოს ერთიანობის ხანაში ამ ტერიტორიას აფხაზეთის ერისთავები მართავდნენ, XVII საუკუნის დასაწყისიდან აფხაზეთის სამთავროში შედიოდა.

რუსეთის იმპერიის მიერ შავი ზღვისპირეთის დაპყრობის პროცესში, შავიზღვისპირეთის მთიელი მოსახლეობისაგან განსხვავებით აფხაზეთის მთავრები რუსეთის მოკავშირეები იყვნენ, რის გამოც აფხაზეთის სამთავრომ (ჩრდილო-დასავლეთი საზღვარი — გაგრის ქედი) თავისი თვითმმართველობა 1864 წლამდე აფხაზეთის სამთავროს გაუქმებამდე შეინარჩუნა. 1866 წელს სამთავროს საზღვრებში ჩამოყალიბდა რუსეთის იმპერიის ადმინისტრაციული ერთეული — სოხუმის სამხედრო განყოფილება.

1883 წელს სოხუმის სამხედრო განყოფილების ტერიტორია, სოხუმის ოკრუგის სახით ქუთაისის გუბერნიის ადმინისტრაციული ერთეული გახდა, ხოლო 1903 წლის 17 მარტის დადგენილებით სოხუმის ოკრუგი დამოუკიდებელ ერთეულად გამოეყო ქუთაისის გუბერნიას[1]. 1904 წლის 25 დეკემბერს პრინც ა. ოლდენბურგის მოთხოვნით გაგრის კლიმატური სადგური მიმდებარე ტერიტორიით (მდ. ბზიფის აუზი სრულად) შავიზღვისპირეთის გუბერნიის სოჭის ოკრუგის შემადგენლობაში გადავიდა[2], რის შედეგადაც სოჭისა და სოხუმის ოკრუგებს შორის საზღვარმა ბზიფის აღმოსავლეთ წყალგამყოფ ქედზე გადაინაცვლა. საზღვრის 1904 წლის ცვლილების გამო გაგრის მუნიციპალიტეტის მთელი ტერიტორია შავიზღვისპირეთის გუბერნიაში მოექცა.

1918 წელს სოჭის კონფლიქტის დროს ქართულმა მხარემ სოჭის ოკრუგის ტერიტორია ტუაფსემდე დაიკავა. 1919 წელს რუსეთის მენშევიკთა არმიამ ანტონ დენიკინის მეთაურობით, შესძლო სოჭის ოკრუგის ქართული ძალებისაგან განთავისუფლება. გარკვეული პერიოდი არსებობდა დავა საზღვრის გავლებასთან დაკავშირებით და ბოლოს 1920 წლის 7 მაისს საბჭოთა რუსეთსა და საქართველოს დემოკრატიული რესპუბლიკას შორის გაფორმებული მოსკოვის ხელშეკრულების საფუძელზე საზღვარი ნაწილობრივ მდინარე ფსოუზე (შავი ზღვა — მთა ახახჩა) დადგინდა, ნაწილობრივ კი ახახჩა-აგაფსთის მთების (ფსოუს ზემო დინების წყალგამყოფი) ზოლზე. მიუხედავად საქართველოსა და რსფსრ-ს შორის მიღწეული შეთანხმებისა, აღნიშნული ხელშეკრულება არ იქნა შეტანილი „სსრკ-ს საგარეო პოლიტიკის დოკუმენტების“ (რუს. Документы Внешней Политики СССР) ნუსხაში.

1921 წელს აფხაზეთში დამყარდა საბჭოთა ხელისუფლება, ხოლო მის ტერიტორიაზე გამოცხადდა აფხაზეთის სსრ სოხუმის ოკრუგის 1904 წლამდელ საზღვრებში. 1922-1928 წლებში ამიერკავკასიის სფსრ რსფსრ-გან ითხოვდა 1920 წლის შეთანხმების საფუძველზე საზღვრის გადატანას აფხაზეთის სსრ-ის ჩრდილო-დასავლეთით მდინარე ფსოუზე, რაც განხორციელდა 1929 წელს.

1930 წლის ოქტომბერში გაგრის მაზრას გაგრის რაიონი ეწოდა. 1963 წელს გაგრის რაიონი გუდაუთის რაიონს შეუერთეს. 1964 წლის დეკემბერში გუდაუთის რაიონიდან გამოყვეს გაგრის რაიონი. 1973 წელს გაგრის რაიონი გაგრის საქალაქო საბჭოდ გარდაიქმნა. გაგრის საქალაქო საბჭოში შედიოდა 1 საქალაქო (გაგრა), 2 სადაბო (ბიჭვინთა, განთიადი) და 11 სასოფლო საბჭო: ალახაძი, ბაღნარი, ბზიფი, კოლხიდა, ლესელიძე, ლიძავა, მეხადირი, მიქელრიფში (ცენტრი სალხინო), ხაშუფსე, ხეივანი, ხოლოდნორეჩინსკი (ცენტრი ორეხოვო); 1 ქალაქი, 2 დაბა და 46 სოფელი. გაგრის საქალაქო თემის მოსახლეობა 77079 (1989 წ.).

აღნიშნული ტერიტორია სხვადასხვა სახელს ატარებდა:

• 1921-1930 წლებში საქართველოს სსრ-ში — გაგრის მაზრა;
• 1931-1963 წლებში აფხაზეთის ასსრ — გაგრის რაიონი;
• 1963-1964 წლებში გაუქმდა და შეუერთდა გუდაუთის რაიონს;
• 1965-1973 წლებში კვლავ — გაგრის რაიონი;
• 1973-? წლებში — გაგრის ზონა;
• ?-დღემდე — გაგრის მუნიციპალიტეტი.

1921 წლიდან, გაგრის მაზრა საქართველოს სსრ-ის ფარგლებში შექმნილი აფხაზეთის ავტონომიის შემადგენლობაშია. 1923 წელს გაგრის მაზრაში 4 თემი ახალ-გაგრის, კალდახვარ-სომხეთის, ცივი-წყაროს, კოლხიდა-ალახაძის, შედიოდა 7 სოფლით. 1925 წელს გაგრის მაზრაში 5 თემი შედიოდა: ახალ-გაგრის, აფხაზ-კალდახვარის, მინგრელის-კალდახვარის, ალახაძე-კოლხიდის, ხოლოდნაია-რეჩკის (იგივე ცივი-წყაროს). 1930 წელს გაგრის მაზრაში შედიოდა 9 თემი 47 სოფლით და ერთი ქალაქი.